VISTA ORIENTAL
Aun cuando solo el 30% de las 1,810 hectáreas del complejo han sido rescatadas, es posible suponer que Choquequirao, más que una fortaleza, era un sitio religioso. Por su localización, es probable que haya sido el centro religioso más importante y que estaba ocupado por sacerdotes y aquellos consagrados a las divinidades. Se han encontrado pinturas y cementerios que confirmarían esta teoría.
La mayor parte de los edificios no tienen una función doméstica y, en su mayoría, deben considerarse como estructuras con función pública, aparentemente ceremonial. La sección alta del sitio es casi estrictamente para este uso, al igual que el Ushnu y el conjunto de la parte baja. Es como un santuario cuyos ocupantes debieron ser más bien amautas o sacerdotes y escogidos al servicio del culto.
Choquequirao está ordenado en nueve zonas construidas como pequeñas aldeas alrededor de una gran plaza donde se encuentran todas las calzadas provenientes de cada zona. Se ha logrado ubicar la plaza superior (Hanan), los depósitos (Qolqa), la plaza principal (Huaqaypata), la plaza inferior (Hurin), el sistema de andenes de cultivo inmediatos a la plaza principal (Chaqra Andén), la plataforma ceremonial (Ushnu) y la vivienda de los sacerdotes en la parte baja de la colina. Por esto, se presume que Choquequirao fue un gran centro político y económico, que sirvió como enclave comercial y cultural entre la costa, sierra y selva.